Το ΕΠΜΣ-ΑΕΣΛ διαχειρίζεται τα παράπονα των φοιτητών μέσω ενός καθορισμένου μηχανισμού, που προβλέπεται από τον εσωτερικό κανονισμό του Πανεπιστημίου Μακεδονίας. Σύμφωνα με αυτόν, οι φοιτητές έχουν το δικαίωμα να υποβάλουν παράπονα ή ενστάσεις για διάφορα ζητήματα που αφορούν τις εκπαιδευτικές και διοικητικές υπηρεσίες. Αυτά τα παράπονα μπορούν να αφορούν θέματα όπως η διδασκαλία, η έρευνα, η χρήση υπηρεσιών πληροφορικής, η προστασία προσωπικών δεδομένων και η ισότητα.
Οι φοιτητές μπορούν να υποβάλουν τα παράπονά τους μέσω ηλεκτρονικής φόρμας που είναι διαθέσιμη στην ιστοσελίδα του ΕΠΜΣ-ΑΕΣΛ. Η Επιτροπή Διαχείρισης Παραπόνων, η οποία αποτελείται από δύο μέλη ΔΕΠ και τον Διευθυντή του ΕΠΜΣ-ΑΕΣΛ, είναι υπεύθυνη για την εξέταση και διαχείριση των παραπόνων, εξασφαλίζοντας την προστασία των προσωπικών δεδομένων. Η επιτροπή οφείλει να απαντήσει γραπτώς εντός 30 ημερών για τις ενέργειες που έχουν πραγματοποιηθεί και τυχόν αποφάσεις που έχουν ληφθεί.
Σε περίπτωση που η απόφαση δεν ικανοποιεί τον φοιτητή, μπορεί να ζητήσει επανεξέταση από τη Συνέλευση του Τμήματος, η οποία λαμβάνει την τελική απόφαση.